若建设工程施工合同被判定为无效，且建设工程在竣工验收时被判定为不合格，则将依照以下情况分别处理：首先，如修复后的建设工程经竣工验收被认定为合格，发包方有权要求承包方承担修复费用；其次，若修复后的建设工程仍未达到合格标准，承包方无法向发包方提出支付工程价款的请求。在此过程中，由于建设工程质量问题导致的损失，如发包方存在过失行为，亦需承担相应的民事责任。【法律依据】《民法典》第七百九十九条，建设工程竣工后，发包人应当根据施工图纸及说明书、国家颁发的施工验收规范和质量检验标准及时进行验收。验收合格的，发包人应当按照约定支付价款，并接收该建设工程。建设工程竣工经验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。